Antara beberapa faktor-faktor penentangan orang Melayu terhadap Malayan Union, pertama ialah penghakisan kedaulatan dan kekuasaan raja-raja Melayu. Pada pandangan orang Melayu, raja atau sultan merupakan lambang kuasa dan kedaulatan orang Melayu. Namun, penubuhan Malayan Union telah mengancam kekuasaan dan kewibawaan Raja-raja Melayu. Kuasa raja-raja Melayu dalam aspek eksekutif, agama Islam dan adat istiadat Melayu , undang-undang dihadkan dan urusan pentadbiran diambil alih oleh Gabenor yang mempunyai kuasa veto. Gabenor Malayan Union yang menggantikan orang Melayu sebagai Pengerusi Majlis Islam amat menjatuhkan maruah dan kesucian agama. Raja Melayu dalam Malayan Union kini muncul sebagai ‘pemimpin tradisional atau spiritual orang Melayu ’. Perubahan ini sengaja dirancang supaya wujud dikotomi kuasa yang berpihak kepada kerajaan British. Ini amat membimbangkan orang Melayu kerana kehilangan kuasa raja Melayu akan menyebabkan status Tanah Melayu menjadi Tanah Jajahan British. Hal ini turutnya menyemarakkan semangat nasionalisme orang Melayu untuk membangkitkan penentangan terhadap Malayan Union yang dianggap sebagai suatu ancaman besar.

Faktor kedua ialah ketiadaan penglibatan orang Melayu. Orang-orang Melayu marah dan merasa tercabar kerana orang Melayu tidak dibenarkan terlibat dalam merangka perlembagaan Malayan Union. Perlembagaan itu dirancang oleh Pegawai British dalam Malayan Planning Unit (MPU) yang berpusat di London tanpa pengetahuan dan penglibatan pemimpin-pemimpin Melayu. Orang Melayu semakin terkilan dan marah kerana perlembagaan itu dilaksanakan terlalu tergesa-gesa dalam masa yang singkat tanpa pandangan orang Melayu sedangkan perlembagaan yang dirangka itu terkandung masa depan tanah Melayu dan rakyat sekaliannya. Orang-orang Melayu tidak berdiam diri dan menentang Malayan Union demi mempertahankan maruah bangsa Melayu.

Faktor yang ketiga ialah cara Sir Harold Mac Michael medapatkan tandatangan sultan. Mac Michael dihantar ke Tanah Melayu untuk mendapatkan tandatangan sultan. Namun, beliau menggunakan kekerasan dan paksaan untuk mendapat persetujuan sultan-sultan tentang perlaksanaan Malayan Union. Beliau mengugut akan melucutkan jawatan sultan kerana telah bersubahat dengan Jepun. Lagipun, Sir Harold Mac Michael tidak menerangkan kepada sultan-sultan tentang syarat-syarat gagasan Malayan Union secara terperinci sebelum sultan menandatangani perjanjian tersebut. Beliau juga bersikap biadap, tidak mengetahui adat resam dan memahami bahasa Melayu serta tiada pengalaman langsung tentang Tanah Melayu. Tindakan Sir Harold Mac Michael ini telah menyinggung perasaan orang Melayu terutamanya turut dalam kalangan pemimpin-pemimpin.

Faktor keempat pula ialah ketidaksahan perjanjian pebubuhan Malayan Union. Persetujuan Raja-raja Melayu kepada Malayan Union dianggap tidak sah kerana tidak mematuhi perlembagaan negeri-negeri Melayu yang memerlukan raja berunding dengan para pembesar terlebih dahulu Perkara ini ada disebut dalam Perlembagaan Negeri Johor. Hal ini telah menimbulkan ketidakpuashatian dalam kalangan orang Melayu. Pemimpin-pemimpin juga berasa terhina dengan keangkuhan British yang mengabaikan kepentingan orang Melayu. Tindakan British yang dianggap tidak berpelembagaan dan tidak demokratik ini menjadi salah satu sebab kepada orang Melayu untuk menegakkan maruah bangsa Melayu melalui penentangan.

Faktor kelima ialah pemberian taraf kerakyatan. Syarat kerakyatan berdasarkan prinsip jus soli telah menebalkan sentiment kebencian orang Melayu kepada kaum lain. Orang-orang Melayu begitu marah dan merasa tercabar disebabkan tindakan kerajaan British yang melonggarkan syarat kerakyatan sebagai salah satu dasar dalam perlembagaan Malayan Union. Dasar kerajaan British ini telah menggalakkan taraf kerakyatan yang luas tanpa mengira perbezaan bangsa dan agama. Pada peringkat ini, pihak British menyuarakan bahawa dasar ini adalah untuk menuju ke arah pembentukan kewarganegaraan umum yang merangkumi semua penduduk sama ada golongan imigran dan penduduk asal. Namun, idea ini kuat ditentang oleh orang Melayu kerana menganggap pembentukan Malayan Union sebagai suatu penyerahan Tanah Melayu dan Singapura kepada orang bukan Melayu. Syarat kerakyatan yang longgar ini memudahkan imigran mendapat kerakyatan dan mengecilkan bilangan orang Melayu. Inilah titik permulaan kebangkitan orang Melayu kerana bimbang status politik, ekonomi dan masa hadapan orang Melayu akan tercabar.

Faktor keenam pengenalan hak kesamarataan. Berdasarkan syarat kerakyatan berprinsip jus soli yang diperkenalkan oleh pihak British. Syarat kerakyatan yang longgar ini memberi hak yang sama rata dengan orang Melayu. Taraf orang Melayu sebagai peribumi Tanah Melayu telah disamaratakan dengan kaum-kaum lain yang baru datang ke tanah melayu seperti Cina dan India. Keadaan ini telah menghapuskan hak istimewa dan hasrat orang Melayu untuk menegaskan status quo sebagai peribumi. Hal ini amat mencabarkan orang Melayu yang mengimpian sebagai pemilik Tanah Melayu, sekali gus membawa kepada pembantahan yang kian besar daripada orang Melayu.