Gamere designer enzymer
Af: Magnus Kjærgaard (/node/14304) , Postdoc ved iNANO og DANDRITE, Aarhus Universitet 3. februar 2012 kl. 22:27 0 kommentarer (http://videnskab.dk/node/14549#disqus_thread) Send (http://videnskab.dk/printmail/14549) PDF (http://videnskab.dk/printpdf/14549) Print (http://videnskab.dk/print/14549)
Enzymer er de proteiner der sørger for at næsten alle kemiske reaktioner i levende væsener forløber glat. Derudover kan de bruges til et væld af andre formål, og der er gode penge at tjene hvis man kan skæddersy enzymer til f.eks. industrielle formål. Spørg bare Novozymes. Derfor er det mange proteinforskeres hedeste drøm selv at kunne designe enzymer. I praksis har det dog vist sig at være utroligt vanskeligt, da vi ikke forstår hvad der bestemmer proteiner rumlige form i tilstrækkelig grad. Forskere fra University of Washington har valgt en meget utraditionel angrebsvinkel: De har designet et computerspil ved navn FoldIt (http://fold.it) , hvor spillerne konkurrerer om at folde proteiner. Tidligere har forskerne vist, at de bedste spillere er cirka lige så gode til at forudsige proteiners rumlige strukturer (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles /PMC2956414/) som de bedste computer programmer. Ved at studere de bedste spilleres strategi (http://www.pnas.org/content/108/47/18949.long) har de kunnet forbedre de algoritmer computere bruger til at forudsige proteiners rumlige form. I et enkelt særligt heldigt tilfælde har de været i stand til at bestemme strukturen for et vigtigt AIDS-relateret protein (http://www.nature.com/nsmb/journal/v18/n10/full/nsmb.2119.html) , som man ikke kunne knække eksperimentelt. I den seneste udgave af Nature Biotechnology beskriver forskergruppen hvordan de har brugt computerspillet til at forbedre et enzym (http://www.nature.com/nbt/journal /vaop/ncurrent/full/nbt.2109.html) . De startede med et kunstigt enzym som de tidligere har designet med hjælp fra supercomputere (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles /PMC3241958/) . Med det protein som udgangspunkt udfordrede de spillerne til at forbedre bindingen til enzymets udgangsmateriale ved at modificere proteinet. Dernæst lavede forskerne proteinerne med den bedste score i spillet. Den bedste enzymvariant foreslået af spillerne er ca. 18 gange mere aktiv end udgangspunktet og har faktisk den struktur som spillerne forudsagde. Træerne vokser dog ikke ind i himlen. De var stadigvæk nødt til at undersøge 1000 forskellige protein-varianter og proceduren kan ikke umiddelbart overføres til andre systemer. Stadigvæk er der dog tale om en imponerende præstation. FoldIt er et eksempel på det fænomen der på engelsk er blevet døbt Citizen Science, hvor ikke-fagfolk hjælper med tidskrævende opgaver. En vigtig faktor i FoldIts succes er, at udviklerne har lavet et spil der er sjovt at spille samtidigt med at det er nyttigt. På verdensplan bliver der brugt millioner af timer på at løse komplekse opgaver for sjov som f.eks. sudokuer, kryds-og-tværs, wordfeud og lignende. Alt den tid som disse aktiviteter repræsenterer udgør en kolosal beregningskraft som man måske kan bruge til nyttige formål, hvis man gør det sjovt for deltagerne. Prøv selv at spille FoldIt her (http://fold.it) .
(/profil/magnus-kjaergaard-0)
Blogger om:
Biokemi
Se Magnus Kjærgaards profil (/profil/magnus-kjaergaard-0)
ANNONCEINFO (/OM/ANNONCER-PA-VIDENSKABDK)
16/11 LSD-terapi forbedrer livskvaliteten hos dødeligt syge (/blog/lsd-terapi-forbedrerlivskvaliteten-hos-dodeligt-syge)
20/11 Ligner du en gris? (/blog/ligner-du-en-gris) 19/11 Asteroidenedslag og andre katastrofer
(/blog/asteroidenedslag-og-andre-katastrofer)
17/11 Danmark som flygtningeland: Et 100-års perspektiv (/blog/danmark-som-flygtningelandet-100-ars-perspektiv)
21/11 Philaes sidste kapitel er måske skrevet
(/blog/philaes-sidste-kapitel-er-maske-skrevet)
Når du tilmelder dig, deltager du i konkurrencen om lækre præmier.
(/nyhedsbrev)
1 af 4
01-12-2014 15:54
Gamere designer enzymer | Videnskab.dk
http://videnskab.dk/blog/gamere-designer-enzymer
Tilmeld nyhedsbrev (/mailchimp
/subscribe)
Synes godt om 7 personer synes godt om dette. Vær den første af vennerne. Tweet 0 Share
| Frameld nyhedsbrev
(/mailchimp/unsubscribe)
0 Kommentarer
(http://disqus.com/bullerhelsingr/) Buller Helsingør (http://disqus.com/bullerhelsingr/) Ok Karsten du har fanget noget helt forkert, den chrestus er ikke Kristus, da sauton bruger begge termer, kig evt på biblen.info (http://biblen.info) der vil du se at dine udsagn ikke er sande...
Julen er en hedensk drukfest
(http://videnskab.dk/kultur-samfund/julen-er-enhedensk-drukfest) · 42 minutes ago (http://videnskab.dk/kultur-samfund/julen-er-enhedensk-drukfest#comment-1720202777)
Vilkår for kommentarer (/om/vilkarkommentarer-pa-videnskabdk)
Seneste blogindlæg
Nobelprisen i kemi: Superopløsningsmikroskopi (/blog/nobelprisen-i-kemisuperoplosnings-mikroskopi)
(/rss/blogs/5931)
Af Magnus Kjærgaard (/node/14304) , Postdoc ved iNANO og DANDRITE, Aarhus Universitet 8. oktober 2014 kl. 22:29 0 kommentarer (http://videnskab.dk/blog/nobelprisen-
(/blog/nobelpriseni-kemi-superoplosnings-mikroskopi#disqus_thread) i-kemi-superoplosningsLysmikroskopi er en af de mest anvendte forskningsmetoder i mange videnskabelige discipliner, bl.a. mikroskopi) cellebiologi. Indtil fornyligt var den...
(http://disqus.com/bullerhelsingr/) Buller Helsingør (http://disqus.com/bullerhelsingr/) Det undrer mig nu at plini den yngre ikke skriver om Jesus når nu sueton var del af hans stab, kan det tænkes beviserne ikke var gode nok og blev frakastet af plini ? Jeg skal ikke kunne sige det,...
Julen er en hedensk drukfest
(http://videnskab.dk/kultur-samfund/julen-er-enhedensk-drukfest) · 1 hour ago (http://videnskab.dk/kultur-samfund/julen-er-enhedensk-drukfest#comment-1720174882)
Hvordan virker den eksperimentielle Ebola medicin? (/blog/hvordan-virker-den-eksperimentielleebola-medicin)
Af Magnus Kjærgaard (/node/14304) , Postdoc ved iNANO og DANDRITE, Aarhus Universitet 20. august 2014 kl. 12:24 0 kommentarer (http://videnskab.dk/blog/hvordan-
globale pandemier som f....
(/blog/hvordan-virkervirker-den-eksperimentielle-ebola-medicin#disqus_thread) den-eksperimentielleI øjeblikket raser et udbrud af viruset Ebola i Vestafrika. Ebola bliver ofte nӕvnt i rӕdselsscenarier for ebola-medicin)
Jagten på den individuelle cancerbehandling (/blog
/jagten-pa-den-individuelle-cancerbehandling)
Af Magnus Kjærgaard (/node/14304) , Postdoc ved iNANO og DANDRITE, Aarhus Universitet 27. januar 2014 kl. 23:00 0 kommentarer (http://videnskab.dk/blog/jagtenpa-den-individuelle-cancerbehandling#disqus_thread)
(http://disqus.com/bullerhelsingr/) Buller Helsingør (http://disqus.com/bullerhelsingr/) Hej Karsten, jeg har selv ledt efter Jesus i gamle kilder og har ellers altid undret mig over manglen på historiske kilder, pleni den ældre skriver intet om ham, ej heller seneca, og andre store...
(/blog/jagten-pa-denDen kulørte presse proklamerer jævnligt, at kuren imod cancer er lige om hjørnet. Desværre er det altid individuelleopbl... cancerbehandling)
Julen er en hedensk drukfest
(http://videnskab.dk/kultur-samfund/julen-er-enhedensk-drukfest) · 1 hour ago (http://videnskab.dk/kultur-samfund/julen-er-enhedensk-drukfest#comment-1720170171)
Fisker proteiner med flue? (/blog/fisker-proteinermed-flue)
Af Magnus Kjærgaard (/node/14304) , Postdoc ved iNANO og DANDRITE, Aarhus Universitet 22. januar 2014 kl. 22:03 proteiner-med-flue#disqus_thread) 0 kommentarer (http://videnskab.dk/blog/fisker-
(/blog/fisker-proteinerEn levende celle indeholder flere tusinde forskellige proteiner, og mange biologiske processer krӕver, at med-flue) proteiner genkender et specifikt...
(http://disqus.com/Steen_Ahrenkiel/) Steen_Ahrenkiel (http://disqus.com /Steen_Ahrenkiel/) ORDET "JOULU" LANGT ÆLDRE END VIKINGETIDEN. --- Olrik & Ellekilde: Nordens Gudeverden II side 903 angiver følgende: --"Hvor gammel benævnelsen JUL er i Norden, ved vi ikke, men vi ved med...
2 af 4
01-12-2014 15:54
Gamere designer enzymer | Videnskab.dk
http://videnskab.dk/blog/gamere-designer-enzymer
Julen er en hedensk drukfest
(http://videnskab.dk/kultur-samfund/julen-er-enhedensk-drukfest) · 1 hour ago (http://videnskab.dk/kultur-samfund/julen-er-enhedensk-drukfest#comment-1720151880)
(http://disqus.com/karsten_h_gh/) Karsten Høgh (http://disqus.com/karsten_h_gh/) Dejlig informativ artikel, som i hvert tilfælde giver mig, en 64 år gamle tekniker, et anderledes billede af optakt og årsag til den fortid, som mine bedsteforældre talte om med ærefrygt da jeg var...
1864-Monrad var ikke så gal, som vi tror (http://videnskab.dk/kultur-samfund/1864monrad-var-ikke-sa-gal-som-vi-tror) · 1 hour ago (http://videnskab.dk/kultur-samfund/1864monrad-var-ikke-sa-gal-som-vi-tror#comment1720127739)
Skiløb (/emne/skilob)
Gå til tema (/emne/skilob)
Astma (/emne/astma)
Gå til tema (/emne/astma)
Se alle temaer (/temaer)
ANNONCEINFO (/OM/ANNONCER-PA-VIDENSKABDK)
videnskab.dk
Synes godt om 37.535
Følg Videnskab.dk på LinkedIn
(http://www.linkedin.com /company/videnskab.dk)
(http://www.linkedin.com /company/videnskab.dk)
På forsiden lige nu
BLOG (/BLOGS) KULTUR & SAMFUND (/KULTURKULTUR & SAMFUND (/KULTURKROP & SUNDHED (/KROPKROP & SUNDHED (/KROPMILJØ & NATURVIDENSKAB
3 af 4
01-12-2014 15:54
Gamere designer enzymer | Videnskab.dk
http://videnskab.dk/blog/gamere-designer-enzymer
SAMFUND)
SAMFUND)
SUNDHED)
SUNDHED)
(/MILJO-NATURVIDENSKAB)
(/blog/ordet-er-dithvad-skal-vi-medhumanister)
Ordet er dit: hvad skal vi med humanister? (/blog
/ordet-er-dit-hvad-skal-vi-medhumanister)
(/kultur-samfund/forskervi-tillaegger-1864-storbetydning)
Forsker: Vi tillægger 1864 for stor betydning (/kultursamfund/forsker-vi-tillaegger1864-stor-betydning)
(/kultur-samfund/julener-en-hedensk-drukfestfra-vikingetiden)
Julen er en hedensk drukfest fra vikingetiden
(/kultur-samfund/julen-er-enhedensk-drukfestfra-vikingetiden)
(/krop-sundhed /din-medicin-er-proppetmed-naturens-giftstoffer)
Din medicin er proppet med naturens giftstoffer
(/krop-sundhed/din-mediciner-proppet-med-naturensgiftstoffer)
(/krop-sundhed/vildtsa-mange-gener-afgordin-hojde)
Vildt: Så mange gener afgør din højde (/kropsundhed/vildt-sa-mange-generafgor-din-hojde)
(/miljo-naturvidenskab /moderne-kosmologiverdenshistorien-bind-0)
Moderne kosmologi – Verdenshistorien bind 0
(/miljo-naturvidenskab/modernekosmologi-verdenshistorienbind-0)
KULTUR & SAMFUND (/KULTUR-SAMFUND)
Forsker: Konkurrencen om den danske nationalret er i bedste fald ligegyldig (/kultursamfund/forskerkonkurrencen-om-dendanske-nationalreter-i-bedstefald-ligegyldig)
1. december 2014 kl. 14:14 Fødevareministerens nationalretskonkurrence løber åbne døre ind og splitter, snarere end samler, befolkningen, siger en professor i marketing. Og det er kun et land med ondt i nationalfølelsen, der har brug for at kåre en nationalret, mener han. Læs mere
(/kultur-samfund/forsker-konkurrencen-om-den-danske-nationalreter-i-bedste-fald-ligegyldig)
14:14 Forsker: Konkurrencen om den danske nationalret er i bedste fald ligegyldig
(/kultur-samfund/forsker-konkurrencen-om-dendanske-nationalret-er-i-bedste-fald-ligegyldig)
12:28 Hvor langt kan det menneskelige øje se?
(/sporg-videnskaben/hvor-langt-kan-ojet-raekke)
10:52 Nu kan robotslange kravle over bakker
(/teknologi/nu-kan-robotslange-kravle-over-bakker)
09:42 1864-Monrad var ikke så gal, som vi tror
(/kultur-samfund/1864-monrad-var-ikke-sa-gal-
