Nag-aral siya medisina sa Unibersidad ng Sto. Tomas upang magamot niya ang mga mata ng kanyang mahal na ina na si Teodora Alonso ngunit nagdesidido siyang magtapos sa Europa ng nasabing kurso dahil hindi naging maganda para sa kanya ang pamamahala ng mga dominikanong prayle sa unibersidad. Nahasasa ang kahusayan ni Rizal bilang isang optalmohista kaya naman nagkaroon siya ng mga pasyente ng British, Amerikano, Tsino at Portugese. Nging matagumpay ang pag opera niya sa kaliwang mata ng kanyang ina kaya muli itong nakapagbasa at nakapagsulat. Binigyan siya ng suporta at tulong ng kayang mga kaibigan sa Europa sa kanyang propersyon tulad nina Mr. Bousted, Biarritz at ama ni Nellie. Si Ariston Bautista Lin ay nagpadala sa kanya ng liham ng pagbati at ng isang aklat na "Diagnostic Pathology by Dr. H. Virchow" at "Traite Diagnostique by Mesnichock". Dahil sa kanyang kagalingan, siya ay naging isa sa Asia's eminent opthalmologists.

Nagplano si Rizal ng Proyekto kung saan magiging kolonya ng Pilipinas ang British-owned Island at tatawagin itong "New Calamba" at ito ang magiging tirahan ng mga residenteng Pilipino sa Calamba na walang lupa. Noong March 7, 1892, pumunta si Rizal sa Sandakan upang kausapin ang mga awtoridad sa Britanya at pumayag ang mga ito na ibigay sa mga Pilipino ang 100,000 na ektarya ng lupa. Si Manuel Hidalgo ay hindi sumang-ayon sa proyekto dahil para sa kanya, hindi dapat iwan ang bansang Pilipinas na napakaganda at pinagsakripisyo ng karamihan. Nakapagpadala si Rizal dalawang sulat sa Gobernador ng Pilipinas noon na si Eulogio Despujol ngunit hindi niya inaprubahan ang nsabing proyekto.
Noong taong 1892 ng Mayo, nagdesidido si Rizal na magbalik sa Maynila upang makipanayam si Governor Despujol tungkol sa Borneo Colonization Project, itatag ang Liga Filipina sa Pilipinas at Patunayan na mali ang pag atake sa kanya ni Eduardo de Lete sa Madrid. Ang pag atakeng ito ay tungkol sa nailathala sa La Solidaridad na nagpapakita na si Rizal ay isang duwag, makasarili, at oportunistic.
Matapos lisanin ni Rizal at kanyang kapatid na si Lucia ang Hong Kong, ang konsul-heneral ng espanya ay nagpadala ng cablegram sa Gobernador na si Eulogio Despujol at sinabi kung nasaan si Rizal. Nag karoon din ng lihim na pagsampa kaso laban kay Rizal at sa kanyang mga kasama dahil sa pagiging "anti-religious" at "anti-patriotic agitation" at Inutusan ni Gobernador Despujol ang kanyang seketarya na si Luis de la Torre na tuklasin kung si Rizal ay isang German citizen. Walang kaalam-alam ang magkapatid tungkol sa gagawing paghuli kay Rizal.
Ang la liga Filipina ay isang samahang pangsibiko na itinatag ni Rizal at pinasinaayaan noong 1892 sa Tondo. Naghanda siya para samahang ito noong siya ay nasa Hong Kong at ang mga nahalal opisyal ay sina Ambrosio Salvador, Deodato Arellano, Bonifacio Arellano at Agustin de la Rosa. Ang layunin ng samahang ito ay mapagkaisa ang buong arkipelago, magkaroon ng proteksyon sa bawat pangangailangan at kagustuhan ng bawat isa, proteksyon laban sa mga karahasan at kawalang katarungan, pag-aaral at aplikasyon sa reporma at paghikayat ng edukasyon, agrukultura at komersyo. Kahit sinong Pilipino ang maaaring sumama sa samahang ito at ang bawat isa ay nagbabayad ng dalawang piso bilang entrance at sampung sentimo bawat buwan. Ang mga miyembro nito ay kailangang manghikayat pa ng iba na sumali sa samahan, sumunod sa utos ng Supreme Council, sabihin sa Fiscal ang anumang nalamang bagay na maaring makaapekto sa Liga, at tulungan ang kapwa miyembro.

Ipinatapon si Rizal sa Dapitan dahil (1) Maraming inilathala si Rizal na libro at artikulo na nakasama para sa mga Espanyol (2) May mga nakita sa kanyang gamit na mga pamphlet na "Pobres Frailes". (3)Ang ginawa niyang nobelang "El Filibusterismo" ay nalamang dedikado para sa tatlong paring martir na sina Gomez, Bugos at Jaena at nabasa na sa unang pahina ay nakasulat ang mga kamalian ng administrasyon ng espanya.

Ang mga kondisyong ito ay (1) Mag retrak si Rizal sa kanyang mga kamalian tungkol sa relihiyon ang gumawa ng pahayag na kampi siya sa espanya at laban siya sa rebolusyon; (2) Gawin ang mga gawain ng mga katoliko at magkumpisal; at (3) Umakto siya bilang isang lalaki na maka relihiyon.
Habang si Rizal ay nasa Dapitan, ginamit niya ang kanyang propesyon bilang isang manggagamot. Marami siyang naging pasyenteng bukas-palad kaya binigyan niya ito nga mga libreng gamot. Noong taong 1893 ng Agosto, inoperahan naman niya ang kanang mata ng kanyang ina. Dahil sa kanyang kahusayan, maraming dumayo sa kanya mula sa Luzon, Hong Kong, Cebu, Bohol, Panay, Negros at Mindanao. Matagumpay niya ring nagamot ang isang mayamang estudyante na si Don Ignacio Tumarong at binayadan siya nito ng tatlong libong piso. Ilan pa sa mga naging pasyente nya ay nagbayan sa kanya nga limang daan at isang hasyendero ang nagbayad sa kanya ng asukal. Bilang isang manggagamot, naging interisado siya sa pag-aaral sa mga halamang gamot.
Bilang isang nakapagtapos ng surveying, marami siyang nabasang libro na ginagamit ng mga inhinyero. Nagamit niya ang kanyang natutunan sa pamamagitan ng pagtatayo ng watersystem. Maraming inhinyero ang humanga kay Rizal dahil dito at alam nila na kaunti lamang ang mga kagamitan niya at pera.
Maliban sa Warter System, maraming mga proyekto ang ginawa ni Rizal habang siya ay nasa Dapitan. Gumawa siya ng paraan upang maiwasan ang malaria, ang limang daang piso na ibinayad sa kanya sa kanyang pangagamot ay ginamit niya upang magkaroon ng mga coconut oil lamps ang bawat mga kalsada. Sa tulong ni Father Sanchez na siyang naging paborito niyang professor sa Ateneo, napaganda ang Town Plaza at sa tapat ng isang simbahan, gumawa sila ng istrukturo ng mapa ng Mindanao sa pamamagitan ng bato, earth at damo.
Alam natin na ang edukasyon ay napakahalaga kay Rizal. Tuwing pumupunta siya sa iba't-ibang bansa, ino-obserbahan niya ang sistema ng edukasyon ng mga ito kaya sa Dapitan, itinatag niya ang isang eskwelahan na tumagal bago siya nakalaya sa Dapitan at ginamit niya ang kanyang mga ideya na nakuha niya sa iba't ibang bansa. Hindi niya pinagbabayad ng pang matrikula ang kanyang mga estudyante bagkus, pinagtatrabaho niya ang mga ito sa kanyang mga proyekto. Ang mga itinuro niya ay reading, writing, languages (Spanish and English), history, mathematics, geography, industrial work, morals, nature study at gymnastics. Ginamit rin niya ang sistema ng edukasyon sa Ateneo kung saan, ang pinakamagaling ay tinawag na "emperor" at ito ay nakaupo sa pinakaunahan at ang may pinakamababang marka ay nakaupo sa pinakahulihan. Tuwing hindi oras ng klase, hinihikayat ni Rizal ang mga mag-aaral na maglaro na nakakapagpalakas ng katawan kaya sila ay nag wrestling, boxing, swimming, stone-throwing, arnis, gymnastics at boating.
Nakita ni Rizal na ang Mindanao ay lugar na maraming ispesimen kaya naghanap siya kasama ang kanyang mga estudyante sa mga gubat at tabing dagat ng mga ispesimen ng insekto, ibon, ahas, butiki, palaka, shells at iba't-ibang halaman. Ang mga nakukuha niya ay ipinapadala niya sa Dresden Museum sa Europa at bilang kapalit, pinapadalhan niya ng mga Europeong siyentipiko ang mga libro at surgical instruments. Nakapagtayo siya ng koleksyon ng concology na nilalaman ng 346 shells na nagrerepresenta ng 203 na species. Sa katunayan, nadiskubre nya ang mga kakaunting hayop at ipinangalan ito sa kanya. Ilan sa mga ito ay ang Draco rizali (flying dragon), Apogonia rizali (small beetle) at Rhacophorus rizali (rare frog). Ayon sa mga siyentipiko, pin=ag-aralan din ni Rizal ang antropolohiya, etnograpya, arkeolohiya, geology at heyograpiya.
Habang si Rizal ay nasa Dapitan, natutunan niya ang iba't-ibang wika tulad ng Bisayan, Submanum, at wika ng Malay. Nagsulat siya gamit ang wikang Tagalog tungkol sa pagkakaiba ng Bisayan at Wika ng Malay. Sumulat si Rizal kay Bluementritt noong Abril 5, 1896 at sinabi niya na magaling na siyang magsalita ng bisayan na wika at importante na matutunan ang iba't -ibang dayalekto. Sa katunayan, 22 na wika na ang alam ni Rizal. Ilan sa mga ito ay ang Tagalog, German, Arabic, Sanskrit, Dutch, Ilokano at marami pang iba kaya si Rizal ay isa sa World's Linguists.
Si Rizal ay nakatulong sa paggawa ng banal na lugar ng Holy Virgin sa isang Chapel. Siya ang nagmodelo ng kanang paa ng imahe, mansanas at ulo ng ahas at Iginuguhit niya ang mga bagay na hinahangaan niya sa Dapitan. Ginawan din niya ng rebulto ang kanyang aso na si "Syria" na nakain ng crocodile, professor niya sa Ateneo na si Father Guerrico, asawa niya na si Josephine Bracken at tinawag niya itong "The Dapitan Girl" at St. Paul na ibinigay niya kay Father Pastells.
Si Rizal ay nagkaroon ng malaking lupa. Pinagtayuan niya ito ng bahay, paaralan, ospital at pinataniman. Sa kanyang bukid, ginawa niya ang mga bagay na ginagawa sa bukid sa Europa at Amerika at katulong niya ang kanyang mga estudyante. Hinikayat niya ang kanyang mga magsasaka na huwag na nilang gawin ang mga lumang paraan. Sa halip ay gawin ang kanyang nalaman mula sa ibang bansa. Ginusto ni Rizal na magkaroon ng kolonya sa sitio of Ponot malapit sa Sindagan Bay dahil sa tingin niya, maganda itong pagtaniman ng cacao, kape at niyog ngunit hindi niya ito nakuha tulad ng nangyari sa proyekto niya noon na Borneo Colonization dahil hindi na nakuha ang suporta ng gobyerno.
Si Rizal ay nagkaroon ng business na fishing, copra at hemp industries at naging kasambal niya dito ay si Ramon Carreon. Sumulat si Rizal kay Manuel Hidalgo tungkol sa kanyang business at humingi siya ng tulong na makabili ng malaking net at padalhan siya na dalawang mahusay na mangingisda na magtuturo sa kanyang mga tauhan ng mga mas maganda at mabisang paraan sa pangingisda. Ang hemp industry ang nakapagbigay sa kanya ng malaking kita at gumawa rin siya ng "Cooperative Association of Dapitan Farmers" na naglalayon na mas mapabuti/mapaganda ang kanilang mga produkto, makakolekta ng sapat na pera, makapagpatayo ng tindahan para sa producers at workers upang mabili nila ang kanilang pangangailangan na may sapat ng presyo.

Si Rizal ay mahusay mag-imbento ng mga bagay. Sa katunayan, noong siya ay nasa Calamba pa, naimbento niya ang sulpukan na iniregalo niya kay Blumentritt. Ito ay isang cigarette lighther na gawa sa kahoy. Noong siya ay nasa Dapitan, naimbento naman niya ang isang makina na nakakagawa ng halos anim na libong bricks. Makikita natin dito na talagang napakatalino ni Rizal.
Habang nangagaganap ang rebolusyon sa Cuba, nagvolunteer si Rizal na maging isang military doctor sa nasabing lugar kaya sumulat siya kay Governor General Blanco kung payag itong pumunta doon at bilang sagot, pinayagan si Rizal. Ang buong akala ni Rizal, ang gobernador ay kanyang kaibigan dahil sa pagpayag nito. Sa katunayan pala, matagal nang nagpapalitan ng telegrama si Blanco at ministers ng war tungkol sa kanya upang maipaaresto. Maituturing ni Rizal na ang paniniwala na napakabait ni Blanco ang kanyang pinamalaking pagkakamali na kanyang nagawa.
1. The revolutionists used his name without his knowledge. If he were guilty he could have escaped.
2. If the Liga was reorganized nine months later, he did not know about it.
3. If he were the chief of the revolution, why was he not consulted by the revolutionists?
4. It was true the he wrote the by-laws of the Liga Filipina, but this is only a civic association-not a revolutionary society.
5. He did not correspond with the radical, revolutionary elements.
Noong Disyembre 29, 1896, 6:00 ng umaga, binasa ni Captain Rafael Dominguez ang death sentence para kay Rizal-babarilin sa likod sa paraan ng firing squad sa oras na alas syete ng umaga sa Bagumbayan. Noong 7:00 na, dinala si Rizal sa prison chapel at binisita ito nina Father Saderra at Viza. Ibinigay ni Rizal kay Viza ang skulptura na Sacred Heart Of Jesus na inukit ni Rizal noon at inilagay ito sa ibabaw ng lamesa. Dumaan ang ilang oras, marami pang bumisitang kaibigan sa kanya. Mula 12:00 pm hanggang 3:00 pm, sumulat si Rizal ng tula na pamamaalam at itinago niya ito sa alcohol cooking stove. Sumulat din siya ng huling liham para sa kanyang kaibigan na si Blumentritt. Noong 4:00 pm, dumating ang ina at kapatid ni Rizal. Nang palayo na sila sa isa't isa,ibinigay ni Rizal kay Trinidad ang alcohol cooking stove at sinabing may laman ito sa loob. Ang tula na nasa loob ay tinuturing na "priceless game of Philippine literature". Noong 10:00 pm, sumulat si Rizal ng retraksyon, na itinatakwil na niya ang Masonry at mga idea niya tungkol sa anti-Catholic. Ang tungkol sa reaksyon na ito ay pinadedebatehan ng marami kung ito nga ba ay totoo. Matapos ito, dumalo si Rizal sa misa at nag kumpisal, sumulat sa pamilya at kay Paciano, nagbigay ng religious book kay Josephine Bracken na "Imitation of Christ". Mga 6:30 am sa Fort Santiago,isa sa mga pari ang lumapit kay Rizal at nagbigay ng Crucifix. Hiniling niya sa commander na barilin siya ng nakaharap ngunit hindi ito pinagbigyan. Nang tumalikod na siya, nagulat si Dr. Castillo dahil normal ang rate ng pulso ni Rizal tapos nagsimula nang tumugtog ang drum, may sumigaw ng "fire" at nagsimula nang barilin si Rizal at nagsigawan ang mga espanyol ng "Viva España".

Mga batayan kung bakit hindi nagretrak si Rizal:
(1) ang dokumento ng retraksyon ay itinago ng pagkahaba habang panahon at walang iba kundi ang mga autoridad lamang ang may karapatan na tumingin at makakita nito; (2) Hindi binigyan ng magandang lamay si Rizal kasama ang kanyang mga malapit na kamag-anak at sa halip ay sa mga malapit lamang na kaibigan ng mga prayle ito inilagi bago ito ilibing; (3) walang ni isang katoliko na makapagpatunay na ang lamay ay dinaluhan ng mga iba pang Katoliko at (4) hindi tinuturing na isang Katolikong Sementeryo ang pinaglibingan kay Rizal at ang lugar na pinaglibingan sa kanya ay hindi man lamang nilagyan ng Krus sa ibabaw at tanging ang kanyang mga malapit an kamag-anak ang nakakaalam sa lugar.
Mga batayan kung bakit nagretrak si Rizal:
(1) Testimoniya ng mga taong sinasabing nakasaksi nang ginawang retraksyon ni Rizal. Ang mga ito ay sina Father Viza, Fr.Pio Pi, Fr. Silvino Lopez Tunon, Archbishop Bernardino Nozaleda Gen. Rafael Dominguez, Fiscal Gaspar Castaño, Father Rosell, Father Vicente Balaguer, Luis Taviel De Andrade at Father Tomas Feijoo; (2) Ang buong retraksyon ay inilathala sa dyaryo kinabukasan ng pagkakapatay kay Jose Rizal. Pinagtibay ang argumento na nabasa naman daw ito ng mga kaaway ng simbahan, ng mga mason, ngunit wala namang mga reklamo na narinig mula sa kanila; (3) Pamphlet na ipinamigay noong February 28, 1897, ilang buwan makalipas ang retraksyon ni Rizal. Ito ay pinamagatang “La Politico de España en Filipinas” nakapaloob dito ang retraksyon ni Rizal kabilang ang sa iba pa na tulad ng kina Francisco Rojas, Ramon Padilla, Luis Villareal, Fustino Villareal, Moises Salvador, Jose Dizon, Antonio Salazar, Geronimo Cristobal, Medina, at General Antonio Luna.